Kenne beide Städte sehr gut und auch alle vier in Frage kommenden Hotels.
Für einen WE-Trip würde ich Budapest nehmen. Kompakte Stadt, man kann in Pest de facto alles fußläufig "erledigen", einmal mit Öffis rüber nach Buda zum Burgberg und dort alles ablaufen. Man kann sehr gut essen, relaxen (ggf. in ein öffentliches Bad gehen, wenn man den Anblick älterer Herren in knappen Badehosen erträgt, dann gerne einmal ins Gellert Bad), und vieles mehr.
Prag ist größer, weniger kompakt und daher dann eine gute Wahl, wenn man ein verlängertes Wochenende plant.
Hilton Budapest (das bei der Burg) bietet eine tolle Lage (und man ist gleich mitten in Buda). Das Budapest City (am Westbahnhof in Pest) ist meiner Ansicht nach das bessere Hotel (und man ist gleich mitten in einem Shopping Center, falls das von Interesse ist), die Lage ist aber eher "am Rand der Altstadt" bzw. eigentlich schon außerhalb. Aber alles in Gehreichweite.
In Prag nimm das Oldtown. Bessere Lage, weniger Touristen-Busgruppen.