Swiss fliegt 'nur' Narita an, Haneda ist viel günstiger gelegen - was Anbindung an die Stadt betrifft.
Haneda hat das viel modernere und angenehmere Terminal, aber die Anbindung über eine normale U-Bahn ist jetzt nicht entscheidend besser als die von Narita mit dem Airport Express.
Ich bevorzuge auch klar Haneda, aber nicht unbedingt wegen der Anbindung.
Dabei spielen so viele individuelle Faktoren rein, dass der Sitz/ Service nur einen Teil ausmacht,
und zum Teil bedingen sie sich gegenseitig.
Wenn du z.B. gut an Bord schlafen kannst, und einen Nachtflug bevorzugst, ist das Catering zweitrangig da man ja im Schlaf nicht isst...
Für einen Tagflug zu zweit hat das 747 Oberdeck natürlich Vorteile, allein würde ich ANA "the Room" immer klar bevorzugen.
In beide Richtungen finde ich Nachtflüge sehr viel besser (also Flüge die spät abends abfliegen und auf denen man schläft, formal geht ja jeder Flug eastbound unvermeidlich irgendwie durch die Nacht), das wäre eher meine Priorität als der Sitz (und der Service, weil im Schlaf irrelevant).
Den LH Flug abfliegend 14:00 ankommend wenn man gerade anfangen möchte zu schlafen, vor Ort aber gerade früher morgen ist = um die 30 Stunden am Stück wach, finde ich maximal grausam. Der Swiss Flug um 13:00 ist genauso. Wer nachmittags um 16:00 schlafen kann, oder ohnehin an Bord nicht, mag das anders sehen.
Den ANA Flug 20:45 finde ich perfekt, gerade noch OK für ein gutes Abendessen (und bei ANA ist es gut) und dann kann man schlafen. Zurück kenne ich den Flug noch kurz nach Mitternacht, ist inzwischen 21:40, aber das sollte auch OK sein. Man kommt in FRA ausgeschlafen am frühen morgen an, ich habe so kaum Jetleg.
Traditionell war ANA immer signifikant teurer als LH, wenn es preislich ähnlich ist, wäre das immer
meine erste Wahl. Aber jeder Jeck ist anders, gerade was Schlaf und Jetleg angeht.
Vor allem wegen der CGN Anbindung wäre TK auch immer auf der Liste der Flüge die ich mir angucken würde.
Dazu ist dank Shinkansen der Flughafen in Japan relativ egal, zwischen KIX und HND/NRT sind im Zweifelsfall auch nur 3 Stunden Unterschied, wenn es sehr gute und preiswerte KIX Flüge gibt (habe schon welche mit TK und QR gemacht, unter €2000 in der QSuite!) würde ich die Zugfahrt in Kauf nehmen. KIX bindet dich auch mit einem Airport Express ans Shinkansen Netz an. Mit €250 für das Zugticket musst du rechnen, billig ist der Shinkansen nicht. aber wenn der Flug €1000 billiger sein sollte würde ich drüber nachdenken.
Ich kenne deine genauen Pläne nicht, aber wenn du Kyoto mit reinpacken kannst (direkt an KIX angebunden) wäre das ein weiter Grund Osaka mit in die Planung einzubeziehen und einen Tag in Kyoto einzubauen.