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So ist richtig. Sachen im Handgepäck werden grundsätzlich am ersten Flughafen verzollt und das aufgegebene Gepäck am Zielflughafen.
Ohne mich groß in europäischen Zollregeln auszukennen, würde ich meinen, dass man alles an seinem Endziel zu verzollen hat.
In FRA z.B., gibt es auch "mitten im Flughafen" die beiden Kanäle für Handgepäck, wenn man weiterfliegt und Airside bleibt.
FRA ist eh komisch. Da wurde ich während Baustellen als Transitpassagier schon komplett durch die Gepäckausgabe, durch den Zoll, durch die Abflughalle, etc... ins andere Terminal gelotst...