Teilweise liegt es wohl auch an der Tarifstruktur. So bekommt man ja bei LH bei Oneway, Same day-Return, Kurzaufenthalten unter der Woche (keine 3 Tage oder Sa/So) auf vielen Strecken keine Billig-Kategorien, wohingegen man bei A3 auch Oneway in den billigsten Buchungsklassen bekommt. Womit Du in diesen Fällen bei Buchung über A3 wahrscheinlich fast immer günstiger hinkommst.
Umgekehrt habe ich LH-/A3-Umsteigeverbindungen aber auch schon über die LH-Seite billiger bekommen. Ich denke einfach, dass auf diesen Codeshares jede Airline ein gewisses Ticketkontingent hat und da ihre eigene Preispolitik verfolgt. Insofern lohnt es sich immer, die Preise auf beiden Seiten zu vergleichen.