Naja, es sind genau 2,06€. Da fehlt mir gerade irgendwie der Anwendungsfall.
Das würde ich wie folgt lösen - nutze ja wie Du die Prepaid-Variante, d.h. der zu verbrauchende Betrag muss schon auf dem Konto sein.
Kontostand jetzt sind genau 2,06€, und ich will nun im Laden ein Produkt für 2,39€ kaufen. Es fehlen also 33 Cent, die ich mir per Sepa Instant hier im Laden von meinem Giro auf das Metro FS-Konto überweise - denn das ist eingehend instant-fähig.

Der erfolgreiche Eingang wird mir auch gleich in der Metro-App bestätigt, dann gehe ich mit meinem Produkt zur Kasse.
Ist schneller und unkomplizierter als dort um Auszahlung zu betteln - falls die das überhaupt machen.
Variante B: Es gibt auch Geschäfte, die nach höflichem Fragen gesplittete Bezahlung akzeptieren. Dazu muss die Kassenkraft aber fähig und willens sein - häufig geht das nur in kleineren Geschäften.
Dann fragst Du: "Kann ich bitte 2,06€ per Karte zahlen, und den Rest in bar?"