Ich kenne mich etwas mit der Materie aus, daher mal schnell zusammengefasst:
Der Händler bezahlt eine feste Provision an PayPal, egal welches Zahlungsmittel der Kunde am Ende wählt.
Normalerweise kann der Kunde jedes Zahlungsmittel wählen, dass bei PayPal unterstützt wird. Es gibt aber Händler-Kategorien, bei denen diese eingeschränkt werden können das hängt dann an den Verträgen die PayPal mit den Kartenherausgebern hat.
Beispiel: Amex will kein Online Glücksspiel haben, daher wird bei solchen Zahlungen Amex nicht angezeigt und man muss mit was anderem Zahlen.
Wenn bei normalen Shops kein Amex angeboten wird, entscheidet das PayPal selbst über interne Richtlinien (was auch immer der Grund dafür sein kann) zB keine Lastschrift erlauben wenn eine zurückgegangen ist usw.
Am Ende kann PayPal immer noch entscheiden was sie dir für diese Zahlung anbieten oder was nicht.