So als Laie würde mir einfallen:
Die Kapazität hängt vom Wetter ab, die meisten Flüge erfolgen aber nach einem Flugplan. Dass der Flugplan nicht mit dem schlechtesten Wetter im Hinterkopf erstellt wird, kennen wir in MUC alle aus Zeiten mit Schneefall. Er wird aber auch nicht unter Annahme bestmöglicher Bedingungen erstellt. Wenn der Flugplan auf 80% der möglichen Flugbewegungen bei bestmöglichen Wetterbedingungen basiert, kannst Du bei bestmöglichen Wetterbedingungen mit zwei Bahnen nur 160% von einer Bahn erreichen.
Es wird an diversen Stellen das Personal gebraucht, nicht nur der Runway. Wenn nur an einer Stelle ATC, Apron Control, Ground Handling, Gate, Security, Check-In, etc. unterbesetzt ist, erreichst Du nicht die maximale Leistung.
Unabhängig heißt ja auch nicht, dass die Runways komplett unabhängig sind. Selbst wenn Turbulenzen aufgrund des Abstandes kein Problem sind, müssen die An- und Abflüge auch in der Luft entsprechenden Abstand halten. Zwei parallele Abflüge in die selbe Richtung mit dem gleichen weiteren Flugverlauf dürften weniger effizient sein als zwei parallel Abflüge in die gleiche Richtung, wenn der weitere Flugverlauf abweicht. Dadurch werden Runways aber auch an die Flugziele gebunden, also ein Runway für alle Flüge Richtung Süden und Osten und einer Richtung Norden und Westen, beispielsweise.
Bei zwei Runways kannst Du die Terminals noch in die Mitte bauen. Ab dem dritten Runway hast Du aber das Problem, dass Taxiways entweder einen Runway kreuzen oder aber extrem lang werden, weil sie um einen Runway herum geführt werden müssen.
Je mehr Runways und Variationen Du hast, desto eher machen Piloten Probleme, die den Airport nicht regelmäßig anfliegen, vor allem wenn dann noch Sprachprobleme dazu kommen.
Den Experten fallen bestimmt noch mehr Gründe ein...