Also mein Eindruck ist eher, dass das, was auf der Bordkarte steht, keine Rolle spielt. Sondern was Du tatsächlich im System hinterlegt hast. Ich welchsele ja auch gerne mal in MUC / FRA die Vielflieger-Nummer von M&M auf M&B (wobei es mir nur darum geht, dass op. by A3-Flüge bei M&B mehr Meilen geben und für den HON nicht zählen). I.d.R. lasse ich mir die neue Bordkarte per Mail zuschicken. Habe ich aber auch schon vergessen, und bin dann mit der Bordkarte mit aufgedrucktem HON-Status eingestiegen. Und die Meilen waren trotzdem bei M&B.
(Prio-Boarding, Gepäck usw. weiß ich nicht, da ich das mit i.d.R. C-Ticket und Status in beiden Programmen habe).