Ich hatte im letzten Jahr erstmals einen A3-opb-LH-Flug. HAM-FRA-ATH SKG-FRA-HAM, alles unter A3-Flug- (und Ticket-)Nummer. War erheblich billiger als andersrum (LH opb A3). HAM-FRA war Z bei A3 und Z bei LH, FRA-HAM wohl auch, da landete ich wegen Anschlussverlusts auf einem anderen Flug, LH opb LH, 220er-Ticket, ebenfalls Z.
(Das waren logischerweise nur zwei Segmente, aber die weiteren habe ich dann noch im Inland auf separaten Tickets gemacht. An der Stelle ging es mir eher um die Meilen; LH Z gibt ja innerdeutsch durchaus bemerkenswerte 1.000, die an der Stelle auch noetig waren.)
Absurderweise verkauft A3 auf manchen Strecken in der Tat irgendwelche A3 op. by LH-Umsteigeverbindungen billiger als den eigenen Direktflug, v.a. in der C. Kommt auf BRU-ATH auch vor.
Ändert aber nichts daran, dass die LH Group C-Tarife meist deutlich unter denen von A3 liegen, für den A3 Oneway-Preis bekommst Du da teilweise den r/t (P Saver). Wirklich günstige C-Tickets sind bei A3 eigentlich die Ausnahme, u.a., da es keine Saver gibt.
Problem war in Deinem Fall vermutlich, dass es auf dem LH op. by A3-Codeshare nur die hohen Biz-Buchungsklassen gab. Da ist die LH-Buchungsklassensteuerung teils etwas "absurd", und bringt einen gerne mal in Buchungsklasse "C". Oder Du hattest einen Kurzaufenthalt unter der Woche, der bringt Dich wegen der LH-Minimum stay-Regeln auch immer in die hohen Buchungsklassen (im Gegensatz zum A3-Tarifsystem).
Aber wie dem auch sei: Lohnt sich bei diesen Verbindungen auf jeden Fall, die Preise zu vergleichen....