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Das ist wie die 2 Seiten nebeinander frei im Pass, Airline prüft es und vor Ort hat es nie jemanden interessiert...Es mag sein, dass nicht nur das Unterschreiten der 12 Stunden eine Voraussetzung ist, sondern auch das Nicht-Verlassen des Transitbereiches. Insofern könntest Du recht haben, dass man die Impfung braucht, wenn man die 12 Stunden unterschreitet, dabei aber einreist (z.B. um Aufgabegepäck abzuholen neu einzuchecken). Ob es aber zwei Tickets sind oder eines, ist definitiv egal.
(Ehrlich gesagt habe ich auch noch nie erlebt, dass sich irgendjemand in Südafrika für die Gelbfieberimpfung interessiert hat. Aber das ist natürlich irrelevant, wenn es die Regel so gibt, muss man sich natürlich daran halten.)