Also:
Der Hinflug FRA-IST-BKK-SYD (Stop) - AKL sollte mal sicherlich kein Problem darstellen (immer fernab der Verfügbarkeiten, welche ich hier nicht beurteilen möchte).
Beim Rückflug (Variante 1) sehe ich das Problem ebenfalls nicht, da man innerhalb einer Zone (ich denke, SIN, MNL und BKK sind alles SOA) sehr wohl backtracken darf. Ich habe letztes Jahr ZRH-HKG-ICN-PVG-AKL mehr oder weniger problemlos eingebucht gekriegt (und HKG-ICN-PVG ist noch "extremeres" backtracking als SIN-MNL-BKK, aber eben auch alles innerhalb einer Zone...). Was aber nicht gehen wird, ist AKL-SIN-MNL-ICN-FRA, da dies dann eben zonenübergreifendes Backtracking ist. Selbiges gilt gemäass meinen Infos auch für AKL-NRT-MNL-ICN-FRA.
Wenn du Manila als Stopover haben möchtest, dann darfst du einfach keinen Flughafen in NOA berühren, dann solltest du eigentlich keine Probleme haben. Oder aber, du baust einen "klassischen" Stopover in SIN ein und fliegst entweder mit Cebu oder Tiger nach Manila (ca. 100 USD return) oder mit Philippine Airlines (so ca. 150 USD return). Könnte so oder so billiger sein, als die Taxen, die dir ansonsten für diese Zusatzlegs verrechnet würden.
Zu deiner zweiten Frage: alles unter 24h layover (exakt) gilt nicht als Stopover gemäss M&M. Du darfst also pro Weg 2 Layovers <24h und 1 Layover >24h einbauen. Aber je nach Flugzeiten bist du da dann schon rel. eingeschränkt...